Az alternatív befektetési alapok kezelői általában magasabb éves kezelési díjat számítanak fel, mint a hagyományos alapok, hogy fedezzék a szakosodott befektetési csapatok, a átvilágítás, a komplex jogi struktúrák és az illikvid eszközök figyelemmel kísérése költségeit. 

Számos alternatív befektetési alap teljesítménydíjat (carry) alkalmaz, például egy bizonyos küszöbérték (hurdle rate) feletti nyereség százalékát. Elméletileg ez összehangolja a kezelő és a befektető érdekeit, de ha a struktúra nem jól átgondolt, akkor ösztönözhet további kockázatok vállalására is. 

• Tranzakciós és működési költségek. Az illikvid eszközökbe történő befektetések jogi, adózási és technikai átvilágítást igényelnek (különösen ingatlanok, infrastruktúra és hitelek esetében). Tanácsadási, értékelési, könyvvizsgálati, letéti és jelentési költségek merülnek fel, amelyeket az alap visel, és így közvetetten a befektető. 
• Szerkezeti és finanszírozási költségek. A tőkeáttételt alkalmazó alapok (az alap vagy befektetési eszköz szintjén felvett hitelek) kamat- és finanszírozási költségekkel járnak. Ezek növelik a kockázatot, de a hozamot is növelhetik – fontos megnézni, hogy az alap mekkora tőkeáttételt alkalmaz.